Район расположен на северо-западе Новосибирской области, граничит с Северным, Венгеровским и Усть-Таркским районами Новосибирской области, Томской и Омской областями.

Территория района по данным на 2008 год — 1110,1 тыс. га, в том числе сельскохозяйственные угодья — 380,7 тыс. га (34,3 % всей площади). Основные реки — Тара, Чёка и Тартас. На территории района находится озеро Данилово (Серебряное), уникальное по составу воды, в последние годы здесь можно встретить туристов из разных регионов России. Север района охватывают Васюганские болота.

Климат
Климат резко континентальный. По природно-климатическим условиям территория района близка к местностям, приравненным к Крайнему Северу, хотя в их перечень всё же не входит. Среднегодовая температура в среднем по району составляет около 0 градусов Цельсия, абсолютные минимум и максимум температуры: -46 °C и +33 °C соответственно.

История
Переселение из Европейской части России на территорию современного Кыштовского района началось в XVII веке, когда Сибирь окончательно была присоединена к Российскому государству. До середины XIX века переселение шло стихийно, а после отмены крепостного права из густонаселённых губерний Центра и Западной России поток переселенцев в Каинский уезд Томской губернии и в том числе в Кыштовский переселенческий подрайон резко возрос. Росту потока переселенцев способствовало также строительство Транссибирской железной дороги в конце XIX века.

В 1870 году постановлением общего присутствия Томского губернского управления выделена Кыштовская волость, включавшая 42 деревни с общей численностью населения около 10 тыс. человек.

Первоначально Кыштовская волость входила в Каинский округ, а с 1893 года в Каинский уезд Томской губернии. В связи со значительным увеличением числа переселенческих посёлков и жителей волости в январе 1903 года на территории Кыштовской волости создаётся кроме Кыштовской ещё две — Верхне-Майзасская и Верхне-Тарская. В 1913 году из состава волости выделением северной части территории создана ещё одна волость — Чекинская. В 1922 году эта волость будет возвращена в состав Кыштовской волости.

В годы Гражданской войны Кыштовский район был одним из пяти центров партизанского движения против войск Колчака и мятежников чехословацкого корпуса. В деревне Межовка летом 1919 года началось первое выступление крестьян против Колчака. В сёлах Черновка, Куляба, Усманка и Кыштовка (центр восстания) шли бои с белогвардейцами. Восстание, позднее получившее название Урманского (в других источниках — Тарское восстание), разрослось и не затухало вплоть до прихода Красной Армии (51-й дивизии 5-й армии) в середине ноября 1919 года.

После установления советской власти гнёт на крестьян вызвал массовое недовольство. Летом 1920 года на значительной территории Сибири, включающей уезды Омской и Тюменской губерний, но более всего — на территории юго-запада Томской губернии, вспыхнуло крестьянское восстание, известное как «Сибирская Вандея». Восстание было жёстко подавлено подразделениями Красной Армии, усиленными отрядами вооружённых большевиков (т. н. части ЧОН). Вскоре Совнарком принял решение о замене в стране введённой ещё в 1916 году продразвёрстки продналогом, который нёс меньше гнёта на крестьян.

В 1922 году волости реорганизуются, Сибревком ведёт укрупнение малых волостей. В состав Кыштовской укрупнённой волости вновь введена Чекинская волость. В 1922—1925 годах волость преобразуется в Кыштовский район. В советское время на территории Томской губернии в 1925 году образован Сибирский край, который в 1930 году был разделён на Западно-Сибирский край и Восточно-Сибирский край. Кыштовский район выделен из состава Барабинского округа постановлением Президиума ВЦИК 25 мая 1925 года. В 1937 году из состава Западно-Сибирского края выделена Новосибирская область, на территории которой оказался Кыштовский район. Современные границы район обрёл в 1964 году, по завершении реформы административно-территориального деления.

Достопримечательности
— Мемориал воинам-землякам (с. Кыштовка);
— площадь Красных Партизан (с. Кыштовка);
— дом купца Грибкова XIX века (с. Кыштовка);
— Дом купца Бармина – аптека (с. Кыштовка);
— Дом купца Щеглова – районный музей (с. Кыштовка);
— Жилой дом Ивана Южанина (с. Кыштовка);
— Могила партизан А. Суворова и Иванова (с. Верх-Майзасс);
— Могила героя Советского Союза М. Е. Волкова (с. Верх-Тарка);
— Могила партизана Савицкого (с. Верх-Тарка);
— Могила партизана И. Соснина, расстрелянного колчаковцами (д. Вятка);
— Памятник на могиле партизан, павших в борьбе с колчаковцами (д. Куляба);
— Могила партизан, павших в боях с колчаковцами (д. Межовка);
— озеро Данилово (серебряное) (Малокрасноярский сельсовет, находится на расстоянии 64 км от районного центра);
— озеро Карбалык (7 км от районного центра);
— Майзасский охотничий заказник.